prefwindow 要素で作成した設定ウィンドウで、ウィンドウ上部のパネル切り替えボタンと実際に選択されるパネルに食い違いが発生するおかしな挙動に悩まされた。

原因は prefwindow 要素直下に script 要素を配置していたことだった。
Preferences System:prefwindow – MDC にも書いてある通り、 prefpane 以外の要素を配置する場合は prefpane 要素よりも後に記述しなければならない。

<prefwindow ... >
    <prefpane label="General" ... >
        ...
    </prefpane>
    <prefpane label="Advanced" ... >
        ...
    </prefpane>
    <script type="application/x-javascript" src="prefs.js" />
</prefwindow>